L'orthographe CETE du nom de la ville rappelle la dénomination latine "insula ceta" qui signifiait: île poissonneuse. CETUS! devaient s'écrier les romains en contemplant depuis Mèze le mont St Clair dont la forme rappelle une baleine. L'orthographe actuelle, Sète, serait un héritage du phénicien SETTIM qui désigne une hauteur boisée. Ce nom a été fixé par une ordonnance du 20 Janvier 1928, consacrant l'influence phénicienne.
Bien d'autres noms furent utilisés au fil des temps pour désigner l'île, le port, la ville: Setius, Sita, Seta, Caput Cettaum, Ceta, Septe, Cet, Sette, Cète...